К крушению привел, как заявляет следствие, теракт. Расследование дела пока не завершено.
6 ноября 2015 года глава ФСБ Александр Бортников заявил о необходимости приостановить полеты российских авиакомпаний в Египет, до тех пор пока не будут установлены причины катастрофы. Президент Владимир Путин поддержал предложение, поручив правительству «проработать механизмы» прекращения полетов. Помимо запрета полетов было принято решение эвакуировать из Египта всех находившихся там российских туристов. Пресс-секретарь президента Дмитрий Песков заявил, что эти решения не означают, что версия теракта рассматривается как приоритетная.
8 ноября 2015 года комиссия по расследованию причин авиакатастрофы А321 обнародовала итоги предварительного анализа записей обоих «черных ящиков». На записи параметрического самописца не нашлось информации об отказе систем и агрегатов самолета, а сама она прервалась в процессе набора лайнером высоты 9400 м.
9 ноября премьер Дмитрий Медведев заявил, что версия теракта не исключается, в том числе из-за этого было принято решение об эвакуации туристов и запрете полетов.
17 ноября 2015 года руководитель ФСБ Александр Бортников на встрече с Владимиром Путиным заявил, что на борту аэробуса сработало взрывное устройство мощностью до 1 кг в тротиловом эквиваленте, а на обломках самолета обнаружены следы взрывчатых веществ иностранного производства. Президент отдал поручение российским спецслужбам найти и уничтожить виновных в крушении лайнера.
Две недели назад Каир заявил, что совместная работа египетской и российской сторон по вопросу возобновления полетов продолжается и у них есть надежда на скорое решение вопроса. Египетская сторона обещала устранить все выявленные российскими экспертами в системах безопасности местных аэропортов недочеты к Новому году, однако туроператоры РФ считают, что сообщение возобновится не ранее весны 2017-го.